Το 1868, ένα πελώριο θαλασσινό τέρας, σκορπίζει τον τρόμο στους ναυτικούς. Η φρεγάτα Αβραάμ Λίνκολν αναλαμβάνει να το κυνηγήσει και να καθαρίσει τις θάλασσες. Ανακαλύπτουν έτσι πως το τέρας είναι στην πραγματικότητα ένα ηλεκτροκίνητο υποβρύχιο, ο Ναυτίλος, το οποίο κυβερνά ένας παράξενος άνθρωπος, ο πλοίαρχος Νέμο...